原稿から始める

テーマではなく、手元の原稿（書きかけでも構わない）から始めることもできる。1 本の原稿に、サーベイとレポートは 1 本 で、エージェントは原稿に必要なところに力を入れる。

原稿	レポートから主に得られるもの
書きかけ	節ごとの欠けと、どこに何を足すか
分析まで済んで、イントロ・先行研究・理論がまだ	その部分を、原稿の言語で書いたもの
出来上がっている	引用の点検、足りない先行研究、論の組み立てへのコメント

1. 原稿の置き場所

manuscripts/ に、論文ごとのフォルダを作って入れる（manuscripts/README.md にも同じ説明がある）。

manuscripts/
  make_or_buy/          ← 論文ごとのフォルダ（英数字の名前）
    paper.md            ← 原稿。書けているところだけでよい
    tables/             ← 結果の表・図・ログ（原稿に入っていないものがあれば）

形式は問わない。Markdown・Quarto（.qmd とその HTML）・LaTeX・Word（.docx）・PDF を読める。

2. 頼み方

サイドバーの 新しいサーベイ → 原稿から始める で原稿（かフォルダ）を選ぶと、依頼文がコピーされる。ワークスペースの外の原稿を選ぶと、manuscripts/ に写すかを聞く（元の場所のものはそのまま）。チャットで頼んでもよい。

manuscripts/make_or_buy の原稿は書きかけ。足りないところを先行研究で補って

manuscripts/make_or_buy の原稿は分析まで書いてある。イントロ・先行研究・理論と仮説を書いて

manuscripts/make_or_buy の原稿に足りない先行研究と、引用の仕方のまずいところを指摘して

3. 手伝ってほしい所に印を残す

書きながら、引用が要る所に [cite]、論文を引きたい所に [@?]、何を補ってほしいかを TODO(priorwork): <頼みたいこと> と 1 行で残す。エージェントはそれを先に埋め、埋められなかったものとその理由を伝える。

4. 何を作るかを相談して決める

エージェントは原稿を読み、力を入れるところ、原稿のどこを対象にするか、検索の範囲を提案して、答えを待つ。依頼でこれらがはっきりしていれば、そのまま進める。

5. レポートの中身

節	中身
まず直すところ	大事な点を順に
原稿の欠けの地図	節ごとの状態と、あなたの印
文献で支える主張	支える文献と、食い違う文献
補完の一覧	原稿の順に 1 項目ずつ。場所（前後の一文の引用）・理由・本文。文献で支えられることだけで、方法や結果の中身は書かない
引用の点検	箇所ごとに、合う / 向きが違う / 言い過ぎ / 根拠が弱いと、勧める直し
足りない先行研究	どこで、何のために引くか
仮説と文献	仮説ごとの根拠の文献と、食い違う文献
論の組み立て	問い・空白・仮説・方法・結果・貢献のつながり

論文カードには 原稿での役割 が付き、比較マトリクスにも出る。頼まれていない節は「対象外」と書かれる。

原稿そのものは書き換えない。レポートを読んで、あなたが原稿を直す。足すものは、エージェントが参考文献つきで reports/<名前>.draft.md に書き出す。Octavo の原稿なら、プロジェクトの受け取り場所に届く（下の節）。

前の版で下書きや助言として作ったサーベイは、そのレポートのまま続けられる。

6. Octavo の原稿と合わせる

Octavo（Markdown と Quarto で論文を書く道具）で書いている原稿は、Octavo のプロジェクト（別のリポジトリ）に置いたまま使える。1 つの Priorwork のワークスペースで、いくつもの Octavo のプロジェクトの論文を扱える。

Octavo 側のコレクションを選ぶ画面、コレクションの並び、Priorwork で先行研究を頼む は、0.6.4 より後の Octavo で使える。

つなぎ目は Zotero のコレクション

Octavo は、設定の zotero_collection に書いたコレクションから参考文献の .bib を取ってくる。Priorwork のサーベイも同じコレクションに結び付ければ、採用論文をそこに入れるだけで、Octavo の原稿の参考文献にもなる。

Octavo のプロジェクトで、論文のコレクションを決める（Octavo のサイドバーの Zotero のコレクションを選ぶ）。
Octavo のサイドバーで論文を右クリック →（または Priorwork の 新しいサーベイ → 原稿から始める で、Octavo のプロジェクトの論文を選ぶ）Priorwork で先行研究を頼む で依頼文をコピーし、Priorwork のワークスペースのウィンドウで、エージェントのチャットに貼る。2 つは別のウィンドウなので、依頼文で受け渡す。
エージェントは、原稿のほかにプロジェクトの分析の結果・表と、原稿が引いている文献（.bib）を読み、原稿が引いている論文を登録する。サーベイは、Octavo と同じ Zotero のコレクションに結び付く。
下書きは Octavo の形で、Octavo のプロジェクトの受け取り場所に書き出される（literature/priorwork/<サーベイ>.md と、添え状の .json、採用論文のカードの <サーベイ>.cards.json。Octavo は原稿の [@key] の上にカードの要点と確認レベルを出せる）。引用は .bib のキーで [@key] になり、参考文献の節は Octavo が作る。Priorwork は原稿を書き換えない。原稿への取り込みは、Octavo のプロジェクトのエージェントに「Priorwork から受け取った下書きを原稿に反映して」と頼む（自分で読んで移しても構わない）。
.bib にまだ無い論文は [@PRIORWORK:<DOI>] と書かれ、DOI の一覧が出る。Zotero のコレクションに入れ（手引き 3.7。Priorwork に入れさせることもできる）、Octavo で文献を取得し直してから、Octavo のサイドバーの 印を .bib のキーに置き換える を押すと、DOI から [@key] に置き換わる（それまで Octavo の検査は「無いキー」として知らせる）。

クリップボードを使わない依頼

Priorwork のワークスペースの場所を知っている Octavo は、依頼文をコピーする代わりに、ワークスペースの .priorwork/requests/ に依頼を置く。依頼はサイドバーの一番上の Octavo からの依頼 に出る。押すと、エージェントに頼む（依頼を指す短い依頼文をコピーする）か、理由を添えて断る（理由は Octavo から読める）かを選べる。エージェントは済んだらそれを記録し、Octavo にもそれが出る。

1 つのサーベイを、いくつもの論文で

テーマのサーベイ（例: 外部委託の先行研究）を、いくつもの論文で使うこともできる。サーベイを右クリック → Octavo のプロジェクトに結び付ける… でプロジェクトのフォルダを選び（いくつでも）、Octavo のプロジェクト用に書き出す… で、そのプロジェクトの .bib のキーを使った学説・手法・論争・空白の節が、そのプロジェクトの受け取り場所 literature/priorwork/<サーベイ>.md に出る。Octavo 側では、プロジェクトのコレクションにサーベイのコレクションを足す（Octavo の Zotero のコレクションを選ぶ では、いくつでも印を付けられる）。

1 つの Octavo のプロジェクトに、いくつものサーベイ

1 本の論文のために、理論・方法など切り口ごとにサーベイを分けることもある（別のワークスペースのサーベイでも構わない）。そのときは、Octavo のプロジェクトのコレクション（例: 「Make or buy」）の下に、サーベイごとのコレクション（「Make or buy / 理論」「Make or buy / 方法」）を Zotero で作り、それぞれのサーベイに結び付ける。Octavo の文献の取得は下のコレクションの文献も取るので、どのサーベイの採用論文も 1 つの .bib に入る。サイドバーのコレクションの一覧では、Octavo のコレクションとその下のものが先頭に出る。サーベイの状況には、同じ Octavo のプロジェクトのほかのサーベイも出る。

Priorwork は Octavo のプロジェクトのファイルを書き換えない。サーベイと Octavo のコレクションが違うと、検査が知らせる。原稿の場所はワークスペースからの相対パス（例: ../make_or_buy/papers/main）で記録されるので、別のマシンでも、リポジトリを同じように並べて clone すればそのまま動く。